در زمينه تفسير قرآن و بحث‌هاى عقلى بود ، از اين‌رو درس تفسير و فلسفه را شروع كردم . » ( كانون ايرانى پژوهشگران فلسفه و حكمت ، اساتيد فلسفه ) همچنان كه در مقدمه نيز بيان شد حوزه علميه قم از زمان تاسيس توسط حاج شيخ عبدالكريم حائرى ( ره ) يك حوزه فقاهتى بود و البته بناى حوزه نيز بر فقه و اصول بود و كسانى كه مشغول تدريس دروسى به جز فقه و اصول همچون فلسفه مى شدند مشكلات فراوانى برايشان پيش مىآمد ؛ علامه طباطبايى ( ره ) نيز از اين امر مستثنى نبود . ايشان مىفرمايند : « من وقتى از تبريز به قم آمدم و درس « اسفار » را شروع كردم ، و طلّاب بر درس گردآمدند و قريب به يك‌صد نفر در مجلس درس حضور پيدا مىكردند ؛ حضرت آيت الله بروجردى رحمت الله عليه اوّلا دستور دادند كه شهريّه طلّابى را كه به درس « أسفار » مىآيند قطع كنند . بر همين اساس چون خبر آن به من رسيد ، من متحيّر شدم كه خدايا چه كنم ؟ اگر شهريه طلاب قطع شود ، اين افراد بدون بضاعت كه از شهرهاى دور آمده‌اند و فقط ممرّ معاش آنها شهريه است چه كنند ؟ و اگر من به خاطر شهريه طلاب ، تدريس « أسفار » را ترك كنم لطمه به سطح علمى و عقيدتى طلّاب وارد مىآيد ! ؟ همان روز يا روز بعد ، آقاى حاج احمد خادم خود را به منزل ما فرستادند ، و بدين‌گونه پيغام كرده بودند : ما در زمان جوانى در حوزه علميّه اصفهان نزد مرحوم جهانگيرخان « أسفار » مىخوانديم ولى مخفيانه ؛ چند نفر بوديم ، و خُفيةً به درس ايشان مىرفتيم ، و امّا درس « اسفار » علنى در حوزه رسمى به هيچ‌وجه صلاح نيست و بايد ترك شود ! من در جواب گفتم : من كه از تبريز به قم آمده‌ام فقط و فقط براى تصحيح عقائد طلّاب بر اساس حقّ ، و مبارزه با عقائد باطله مادّيّين و غيرهم مىباشد . در آن زمان كه حضرت آيت الله با چند نفر خُفيةً به درس مرحوم جهانگيرخان مىرفتند ، طلّاب و قاطبه مردم به حمد الله مؤمن و داراى عقيده پاك بودند ؛ و نيازى به تشكيل حوزه‌هاى علنى « أسفار » نبود ؛ ولى امروزه هر طلبه‌اى كه وارد دروازه قم مىشود با چند چمدان ( جامه‌دان ) پر از شبهات و اشكالات وارد مىشود ! و امروزه بايد به درد طلّاب رسيد ؛ و آنها را براى مبارزه با ماترياليست‌ها و مادّيّين بر اساس صحيح آماده كرد ، و فلسفه حقّه اسلاميّه را بدانها آموخت ؛ و ما تدريس « أسفار » را ترك نمىكنيم . ولى در عين حال من آيت الله را حاكم شرع مىدانم ؛ اگر حكم كنند بر ترك « أسفار » مسئله صورت ديگرى به خود خواهد گرفت . پس از اين پيام ؛ آيت الله بروجردى ديگر به